Tal como yo lo veo, tras darle muchas vueltas, tras escuchar a todos, la frase
la he dejado así en la novela:
Si no, pudiéramos encontrarnos, al cabo de dos o
cuatro lustros, con que esta comunidad, siguiendo su propio camino, se
había apartado del resto de las iglesias.
A ver, la frase se las trae; pero voy a intentar analizar lo que sucede en
la frase.
Si no [hubiéramos hecho eso]: esta es la condición que se expresa en
subjuntivo.
Habríamos podido encontrarnos: es una hipótesis, por eso se expresa
en subjuntivo.
2 opciones para acabar la frase:
[con que] se habría apartado: aquí se expresa con otro subjuntivo la posibilidad.
[con que] se había apartado: aquí se expresa con un indicativo la certeza. Si pasa esto, nos encontraremos con esto.
Es lo mismo que esta frase del Diccionario de dudas: Si hubiera
terminado los estudios, hoy tendría un trabajo mejor. Pero esta es una de
las tres opciones que se da en ese diccionario respecto al segundo verbo de una
oración condicional con dos verbos.
La verdad es que el asunto se las traía. Era complicado.